El museo
A través de un cancel rococó de finales del siglo XVIII y timbrado por una tiara y las llaves pontificias se accede a las salas del museo, estancias realizadas a finales del siglo XVI con proyecto de Juan Bravo.
La primera de ellas, conocida como el antiguo vestuario de los canónigos, se trata de una sala cubierta con una alta bóveda de aristas apoyadas en ménsulas clasicistas. Esta estancia está divida en dos alturas. En la parte baja nos encontramos con una serie de vitrinas que contienen documentos, libros cantorales, mitras, anillos, pectorales, arquetas con reliquias o un crucificado con peana rococó.
En el centro de la sala nos encontramos con una gran vitrina que contiene una reproducción gráfica a tamaño real del Sagrado Mantel de la Última Cena, reliquia custodiada en esta Catedral.
Accede a la parte superior donde destaca la Virgen coronada por los ángeles, obra de Lucas Mitata de 1595 que presidió el antiguo retablo mayor. De las vitrinas destacamos los dos ostensorios puristas con reliquia de la Santa Espina primera mitad del siglo XVII y cruz de altar con reliquia del Lignum crucis de finales del siglo XVI.
Sala Capitular
Esta estancia era la antigua sala capitular, cubierta por una cúpula sobre pechinas, en ella puede se encuentra una colección de vasos sagrados, custodias, vinajeras, documentos gráficos y el Terno Toledano en tisú de oro obra de Alonso de Medrano en 1725, compuesto por capa, casulla y dalmática.
En el centro destaca la reliquia más importante de las que se guardan en esta Catedral, el Mantel que la tradición vincula con la Última Cena y la institución de la Eucaristía. Se guarda en arqueta de plata barroca realizada en 1678 y donada por el obispo fray Francisco Sarmiento de Luna.
En la tercera estancia, la sala del tesoro donde encontramos copias de trazas y planos de las distintas fases de construcción de la catedral y de la torre. En la única vitrina observamos un terno compuesto por capa, casulla y dalmática conocido como el Terno del Pelícano, fabricado en talleres valencianos en 1870 y regalado por el obispo fray Pedro Núñez Pernia, añadiendo su escudo.