Capilla Bautismal
Esta capilla sería costeada en 1778 por el obispo don Juan José García Álvaro. Cubierta por cúpula y linterna. Tiene más protagonismo la pila que da nombre a esta capilla, costeada en 1778, como indica el epígrafe.
Capilla de la Reliquias
Esta capilla funcionaba como sala capitular para las reuniones del cabildo hasta el siglo XVIII, cuando será remodelada con las donaciones del obispo Juan José García Álvaro para disponer todas las reliquias que se custodian en este templo. En su interior cuenta con dos retablos de madera dorada de estilo rococó obra del tallista Miguel Martínez de Quintana. El de mayor tamaño que contiene la escultura de San Joaquín está diseñado para albergar las reliquias y el segundo de un tamaño inferior es dedicado a San Pedro Mártir de Verona.
En el centro se encuentra la vitrina que contiene las arquetas con las reliquias, destacando un ostensorio del siglo XVI con reliquia de San Pedro de Alcántara, y la Biblia que utilizó con sus anotaciones. También en el mismo espacio es expuesto el terno de los papas, del siglo XVII.
La capilla se cierra con la notable reja barroca fabricada por Francisco de la Iglesia Martín en el año 1783.
Capilla de San Pedro Alcántara
Esta capilla se cubre con bóveda de cañón con seis arcos fajones apoyados en ménsulas sobre querubines, diseño de Rodrigo Gil de Hontañón y Pedro de Ibarra tras el hundimiento de la original en enero de 1563.
Preside la capilla un retablo barroco ejecutado en 1682 por el entallador Juan de Arenas. Dos ventanas rectangulares laterales y un óculo en el ático proporcionan luz desde el exterior. Ocupa su hornacina una talla de San Pedro de Alcántara, de Bernardo Pérez de Robles ejecutada en 1676. Se complementa con relieves como el San José con el Niño, Éxtasis de Santa Teresa, san Luis rey de Francia, la Resurrección de Cristo, San Pedro, San Pablo y otra figura orante ante un atril, no identificado por su grave deterioro.
Esta capilla fue fundada en 1489 por el canónigo Hernando Alonso de Amusco, enterrado en esta misma capilla. Su sepulcro de estilo gótico está compuesto por un arca con su escudo familiar repetido tres veces, junto con decoración vegetal y antropomorfa.
Inserta en esta se encuentra la capilla de la Soledad, con el mismo tipo de cubierta de bóveda de cañón con tres arcos. Ocupa el espacio un retablo barroco del siglo XVIII, conformado con las imágenes de María Magdalena, San Juan, la Virgen y el Crucificado, obra romanista de finales del siglo XVI atribuida a Lucas Mitata.
Capilla de la Anunciación
La capilla esta cubierta por una bóveda de cañón con seis arcos fajones apoyados sobre ménsulas. En el suelo podemos ver la laude sepulcral del canónigo Francisco de Valbuena, adornada con el relieve renacentista de un niño con una calavera.
La adornan dos retablos barrocos del siglo XVIII.
A la derecha dedicado a la Anunciación, presidido por una pintura de la Anunciación; y bajo este una tabla del siglo XVI que representa al Ecce Homo entre la Virgen y San Juan. En el lado izquierdo, otro retablo barroco con un retrato del beato Marcelo Spínola, obispo que fue de Coria, realizado por el sevillano Francisco Gil Japón.
La capilla mayor
La capilla mayor de la catedral, se trata de un espacio cuadrado, cubierta con bóveda de crucería. Ocupando la mayor parte del espacio se encuentra el retablo mayor, que cuenta con características de final de siglo acercándose al Neoclasicismo. Es obra de los arquitectos fray Juan de San Félix y fray José de la Santísima Trinidad, entre los años 1746-1747. El dorado de este lo efectuó Eugenio Jiménez en 1748 y las esculturas de Alejandro Carnicero en 1747, policromadas por Eugenio Piti.
El retablo se compone de un banco y dos cuerpos. La parte inferior cuenta con dos puertas laterales que dan acceso a la escalera que sube a la hornacina principal que, a modo de camarín, alberga la talla de la Asunción de Nuestra Señora, titular del Templo, alzada sobre una movida peana de nubes y serafines y coronada por dos ángeles.
El primer cuerpo posee cuatro columnas de orden gigante y ornamentado con elementos vegetales. Se sitúa en el centro el Sagrario y el manifestador, con las esculturas de los Evangelistas y de la Fe. En los espacios de intercolumnio se abren unas hornacinas de medio punto con las imágenes de San José con el Niño en brazos en el lado izquierdo y San Pedro de Alcántara en el derecho.
El segundo cuerpo y el remate se adaptan a la forma curva de la bóveda, con dos columnas centrales y dos estípites laterales, cuyos soportes enmarcan tres hornacinas abiertas de medio punto: la central contiene la representación de la Quinta Angustia o Piedad, en los vanos laterales se encuentran las imágenes de San Francisco de Paula en el lado izquierdo, y la transverberación de Santa Teresa a la derecha. Estos santos son de los que era muy devoto el obispo José Francisco Magdaleno, cuyo escudo, con el Sagrado Corazón de Jesús y capelo, corona el retablo por su tarea de mecenazgo.